超声波反应釜的研制主要是针对普通超声波反应器不能承受高温高压，普通反应釜对部分特殊类型反应过程缓慢而重新设计，它将二者的有机结合，既保留普通反应釜能承受高温高压、控温精度高、搅拌效果好，又具有超声波的破碎、空化、剥离效应，具有反应时间短、反应效果好、操作简单。
超声波反应釜的运用应按说明书要求设置工作参数，比较敏感的样品一般外面采用冰浴，实际温度肯定是低于25度，蛋白核酸肯定不会变性。
1、容器选择
应根据样品量选择容器，不宜选择过大的烧杯，如20ml的样品宜选用20ml的烧杯。这样可有利于样品在超声中对流，提高超声波破碎效率。若实验中选用1.5ml的EP管盛放样品，务必将EP管固定好，以防冰浴融化后液面下降导致空载。
2、工作时间
超声每次持续工作时间不宜超过5秒，工作间隙时间应大于或等于超声时间，以便于热量散发。时间设定应以超声次数多、超声时间短原则，可增加超声波反应釜以及超声探头的寿命。
3、超声功率
超声波反应釜是一种利用强超声在液体中产生空化效应，对物质进行超声处理的多功能、多用途的仪器。样品不宜太大，以免样品飞溅或起泡沫，如：
1)小于10ml样品容量，功率应在200w以内,选用2mm超声探头，另将面板后面的变幅杆选择开关打到相应挡;
2)10-200ml样品容量的功率在200-400w，选用6mm超声探头，另将面板后面的变幅杆打到相应挡;
3)200ml以上的样品容量功率在300-600w之间，选用10mm超声探头，另将面板后面的变幅杆打到相应挡;(2MM的小探头功率严禁超过350W)。
